Pierwotny kościół został zbudowany w 1913 roku i był przeznaczony dla sprawowania kultu religijnego przez miejscową parafię ewangelicką. Został on zbudowany według projektu architekta Bolesława Zienkiewicza. Była to budowla bardzo skromna rozmiarami z niewielką wieżą. Wewnątrz, jak we wszystkich ewangelickich świątyniach, znajdowały się na ścianach bocznych balkony.

W 1945 roku, gdy ewangelicy opuścili Sierpc i okolice, a parafia protestancka w mieście przestała istnieć, kościół został opuszczony. Wnętrze ograbiono i zdewastowano. Na skutek starań władz kościelnych dopiero w 1946 roku obiekt przydzielono kościołowi rzymskokatolickiemu. A od grudnia 1968 r. kościół ten stał się własnością kościoła rzymskokatolickiego.

Kościół służył głównie do odprawiania nabożeństw dla dzieci i młodzieży szkolnej, w związku z bliskością sierpeckich szkół. Od tego czasu do świątyni przylgnęła nazwa „kościoła szkolnego” (do dzisiaj powszechnie używana).

Gdy 8 września 1981 roku utworzono w Sierpcu nową parafię pod wezwaniem św. Maksymiliana Kolbego, to kościół ten stał się kościołem parafialnym. Wtedy przystąpiono do jego rozbudowy. Budowę nowej części kościoła zakończono w 1988 roku. W 1992 roku rozpoczęto prace nad przebudową starej części kościoła wykonanej w stylu neogotyckim. Usunięto empory ze ścian bocznych, wybudowano nowe, masywniejsze filary, wybudowano nowe sklepienie. W nienaruszonym stanie pozostała tylko wieża i fragmenty dwóch ścian bocznych. Zakończeniem przebudowy, a właściwie budowy nowej świątyni, rozpoczętej w 1983 roku było poświęcenie połączonych obu części kościoła w 1996 roku, jako jednej, integralnej świątyni pod wezwaniem. św. Stanisława Kostki.

Piękną ozdobą kościoła są figuralne witraże. Jest ich aż 19. Przedstawiają one sceny ze Starego i Nowego Testamentu, patronów parafii - św. Maksymiliana Kolbego i kościoła - św. Stanisława Kostki oraz współczesnych polskich świętych – św. Jana Pawła II, bł. ks. Jerzego Popiełuszkę i sługę Bożego ks. kardynała Stefana Wyszyńskiego.

Na uwagę zasługuje fakt, że kościół św. Stanisława Kostki jest pierwszą w Sierpcu świątynią, w której znajdują się relikwie z krwi św. Jana Pawła II.    

         Ciekawostką jest także i to, że na wieży kościelnej jest najstarszy sakralny dzwon w Sierpcu. Jest on również jedynym w Sierpcu dzwonem uruchamianym za pomocą siły ludzkich mięśni. I to jest bardzo ważne, bo żaden automat nie zastąpi bicia dzwonu rozbujanego przez człowieka. Ten stalowy dzwon, jak wskazuje umieszczona na nim inskrypcja, został odlany w roku 1912 w sławnej fabryce dzwonów w miejscowości Bochum w ówczesnym Cesarstwie Niemieckim.  II wojna światowa położyła kres wszystkim spiżowym dzwonom miasta Sierpca. Zdemontowano je i przetopiono na potrzeby armii. A dzwon ewangelicki przetrwał wojenną zawieruchę i towarzyszy Sierpczanom już od ponad 100 lat.